嘉靖二十三年（1544），戚景通因病去世，十七岁的戚继光袭任父职，做了登州卫指挥佥事。二十五年（1546），分工管理本卫所的屯田事务。二十七年（1548）至三十一年（1552），奉命率领卫所远戍蓟门（今东北），春去秋归，每年一次。二十八年（1549）考中，次年进京会试，正逢蒙古俺答汗兵围北京城，戚继光临时守卫京城九门，并两次上书陈守御方略。三十二年（1553），被提升为，管理登州、、即墨三营二十五个卫所，防御山东沿海的倭寇。到任以后，戚继光整顿卫所，训练士卒，严肃纪律，使山东沿海的防务大大改观。
戚继光像
[2]因为浙江倭患严重，嘉靖三十四年（1555），戚继光被调任浙江都司佥书，次年升任，镇守宁波、、台州三府。此后，戚继光多次与倭寇作战，先后取得、岑港、桃渚之战的胜利。实战过程中，戚继光认识到明军缺乏训练，作战不力，多次向上司提出练兵建议，最后得到批准。三十八年（1559），戚继光无意目睹到矿工与永康矿工打架的场面（几万人打架），戚继光惊呼：“如有此一旅，可抵三军。”戚继光对招募了近4000人，进行了严格的训练，这就是著名的戚家军。次年，戚继光针对沿海地形多沮泽、倭寇小股分散的特点，创立攻防兼宜的「鸳鸯阵」。四十年（1561），倭寇大举进犯浙江，戚继光在台州十三战十三捷，基本平息了浙江的倭患。
岑港之战
嘉靖三十六年（1557），浙江巡抚诱捕了海盗，其党羽三千余人盘据岑港，声称要为汪直报仇。岑港在岛的西面，地形非常复杂，倭寇只留一条小路以便出入，将其余通路一概堵死。嘉靖三十七年（1558）春，各路官兵进攻岑港，戚继光由左路进攻。倭寇居高临下，明军仰攻很不方便，双方死伤都很惨重。岑港久攻不下，明政府认为将官作战不力，撤去、戚继光等人的职务，限令一个月内攻克岑港。随着期限的临近，戚继光等亲率士卒，奋勇冲锋，倭寇抵挡不住，在一个深夜乘船退出岑港，转移到舟山北面海中的，此后扬帆南下，转寇福建。
龙山所之战
龙山所在（今浙江舟山县）境内，北面濒临，是倭船往来必经之道。嘉靖三十五年（1556）九月，倭寇八百多人打到龙山所，戚继光这时新任参将不久，听到消息立刻率军前往。倭寇分成三路猛冲过来，明军纷纷溃退，戚继光见形势危急，连忙跳到一块上，一连三箭将三个倭酋射倒，倭寇这才退去。十月，倭寇又在龙山所登陆，戚继光与俞大猷等率军抗击，三战三捷，倭寇乘夜撤退。明军跟踪追击，至雁门岭遇伏，纷纷逃走，倭寇得以乘船出海。两次龙山所之战，戚继光初露锋芒。同时，在此战役中，戚继光认识到明军「兵无专统，谋不佥同」，有必要训练一支强而有力的军队。
战后不久，戚继光便连续两次上书，向上司提出练兵建议，但由于种种原因，建议未能及早实现。 嘉靖三十八年（1559）九月，戚继光第三次提出建议，决定到义乌招募农民和矿工，得到上司同意。到义乌后，戚继光进行了严格的挑选，他制定了四要四不要：1.不要城里人2.不要在官府里任过职的3.40岁以上的和长得白的不要4.胆子特别小的和胆子特别大的不要。 （1）要标准的农民 （2）黑大粗壮皮肉结实的人 （3）目光有神的人 （4）见了官府还得有点怕的人 最后选定三千多人，编立队伍，分发武器，进行严格的训练。从此，这支军队转战各地，取得了辉煌的战绩，人称「」。
台州大捷
嘉靖四十年（1561）四、五月间，倭寇大举进犯浙江，船只达数百艘，人数达一两万，骚扰地区达几十处，声势震动远近。其中大股倭寇窜犯、桃渚、等地，戚继光确立「大创尽歼」的，在花街、上峰岭、藤岭、等地大败倭寇，先后十三战十三捷，共擒斩倭寇一千四百多人，焚、溺死四千多人，使侵犯台州的倭寇遭到毁灭性的打击。与此同时，其它将领也在宁波、一带和倭寇交战十多次，取得重大胜利，浙江倭患基本平息。由于，戚继光被提升为都指挥使，「戚家军」也闻名天下。
福建的倭患也很严重。嘉靖三十九年（1560）后，倭寇由于在浙江受到沉重的打击，在福建的活动更加猖獗，一支筑巢于城外海中的横屿（时人称夺命岛），另一支筑巢于福清的，形势非常危急。嘉靖四十一年（1562），戚继光受命入闽剿倭，先后荡平横屿、牛田、林墩三大倭巢，随后回浙江补充兵员。戚继光刚离开后，倭寇就相互庆贺说：「戚老虎去，我们还怕什么！」活动又猖獗起来，攻占府（现在的福建莆田）城，随后又据平海卫为巢。四十二年（1563），戚继光抵达福建，于平海卫大败倭寇。随后率军解仙游之围，灭山贼于南澳，基本平息了东南沿海的倭患。
横屿之战
横屿是宁德县东北的一个小岛，离岸约有十里，和之间隔着浅滩。涨潮时，海水将岛屿与大陆分开；潮退后，又尽是泥淖。倭寇在岛上结下，修筑防御工事，侵占已达三年之久。戚继光为了渡过浅滩，士兵铺上干草，随着鼓声向前爬行。到达横屿岸边时，倭寇早已布成阵势，士兵们奋勇冲杀，放火焚烧倭巢，倭寇四处逃窜，明军乘胜追击，斩首三百四十八人，生擒二十九人。残余倭寇向海上逃命，被淹死六百多人。战斗从开始到结束，不过三个时辰。随后，戚继光进军牛田、林墩，铲除了福建的三大倭巢。
平海卫之战
铲平福建三大倭寇后，戚继光回浙江补充兵员，倭寇又猖獗起来。嘉靖四十一年（1562）冬，倭寇六千人攻陷兴化府城，烧杀抢劫，。次年二月，倭寇退出府城，据东南的平海卫为巢。四月，戚继光率领一万多人到达福建。五月，福建巡抚谭纶命戚家军为中路，为左翼，俞大猷为右翼，向平海卫发动总攻势。倭寇仓皇应战，戚家军用火器猛烈射击，倭寇战马受惊，乱跑乱窜，左右两翼乘势并进，倭寇大败，逃回许家大巢。明军进围敌巢，四面放火，倭寇或被烧死，或被杀死，逃窜者也多坠崖、蹈海而死，共被斩首二千二百一十人。
解仙游之围
平海卫之战不久，又有大批倭寇陆续登陆。嘉靖四十二年（1563）十一月，倭寇约两万人围攻仙游，城内居民昼夜死守，双方伤亡都很严重。谭纶和戚继光统兵来救，驻扎于仙游城外二十里处，这时戚继光的部下只有六千人，敌我力量相差悬殊，不宜立即决战。次年一月，换防的军队到达，戚继光进行周密布署后，分道向仙游进军。当时倭寇结为四巢，分别盘据于东、南、西、北四门，中路军直冲倭寇南巢，其它各路配合作战，倭寇丢盔弃甲，全线崩溃，仙游之围得以解除。戚继光这次以寡敌众，大获全胜，体现了卓越的军事。
灭山贼吴平
吴平是福建南部诏安县梅岭人，他与倭寇勾结，招纳海盗、一万多人，盘踞在梅岭一带。嘉靖四十四年（1565）春，戚继光攻占梅岭，吴平率部南逃，占据闽广交界的，戚继光跟踪追击，将南澳岛封锁起来。十月，戚继光率军在龙眼沙登陆，命人散布劝降檄文，吴平党羽军心动摇，戚家军乘势进攻，大获全胜。吴平伤魂落魄，率领部下遁入森林。月底，戚继光与俞大猷合力进讨，吴平惨遭失败，仅率八百余人乘船逃脱。四十五年（1566），戚继光和俞大猷进剿吴平残部，吴平投海自杀，东南沿海的倭患基本平息。
台州：斩首308颗，生擒2名倭首，其余淹死和未割首的数目不详，牺牲等3人。
战斗：我敌对比：1500对2000余，全歼2000多名倭寇，斩首344颗，生擒5名倭首，我方牺牲陈四等3人。
：消灭倭寇3000名。
横屿岛渡海之战，消灭倭寇1000多名，斩首348颗，俘虏29名．牺牲等13人。
牛田之战：击溃数上万倭寇（包括假倭和真倭），斩首688颗，我方无一人牺牲。
：烧死和淹死倭寇3000名左右，斩首960颗，俘虏26人。自己阵亡90人。
福清葛塘之：消灭300多名倭寇，斩首150多颗，牺牲20人。
平海卫战斗：斩首2622颗，我方牺牲金渔等16人。
：击溃10000余名倭寇，杀死倭寇1000余，斩首498颗，生擒1名，我方牺牲童子明等24人．
王仓坪战斗：击溃倭寇近万名，斩首177颗，我方无一人阵亡．
蔡丕岭战斗：击溃倭寇7000余名，杀死1000多名，斩首160多颗．我方牺牲31人
